Anaerobni digestori široko se upotrebljavaju u tretmanu primarnog i sekundarnog mulja, što rezultuje aerobnim tretmanom komunalnih otpadnih voda. Sistem se primenjuje u mnogim zemljama u kombinaciji sa naprednim sistemima gde se AD proces (anaerobna digestija) koristi za stabilizovanje i redukciju konačne količine mulja. Većina inženjering kompanija koje obezbeđuju sisteme za tretman otpadnih voda imaju mogućnosti i za implementaciju sistema sa anaerobnim digestorima. U evropskim zemljama, između 30 i 70% otpadnog mulja se tretira anaerobnim digestorima, u zavisnosti od nacionalnog zakonodavstva i prioriteta. Efluent tretiran AD postupkom, dalje se može koristiti kao poljoprivredno đubrivo ili za proizvodnju energije za sagorevanje. Na žalost, još uvek postoje zemlje u kojima se efluent odlaže na deponije. Kako ova praksa ima negativne konsekvence na okruženje kroz mešanje nutrienata sa zemnim vodama i emisijom gasova koji utiču na efekat staklene bašte, iz tog razloga je ovakvo odlaganje zabranjeno u većini zapadnoevropskih zemalja.
U mnogim zemljama komunalni čvrsti otpad se prikuplja u obliku izmešanog sadržaja, a zatim se sagoreva u velikim energetskim postrojenjima ili se odlaže na deponije. Ovakva praksa zapravo predstavlja gubljenje energije i nutrijenata, jer se većina organskih frakcija može izdvojiti kao energetski izvor i upotrebiti kao sirovina za anaerobnu digestiju. Najveći deo otpada se dalje može obrađivati u procesu proizvodnje biogasa.
U poslednjih nekoliko godina, razdvajanje različitih tipova otpada dobija sve veću pažnju. Kao rezultat toga, izdvojene frakcije čvrstog komunalnog otpada sada postaju dostupne za naprednije procese reciklaže pre odlaganja. Poreklo organskog otpada je važno u određivanju najpogodnijeg metoda za tretman. Kuhinjski otpad je uglavnom suviše mokar i nema pogodnu strukturu za aerobnu obradu, ali predstavlja odličnu sirovinu za anaerobnu digestiju. Sa druge strane, drvni otpad sadrži velike količine lignoceluloznog materijala koji su pogodni u obradi, kao predtretman koji je potreban u primeni anaerobne digestije. izdvojenih organskih frakcija kućnog otpada kao izvora za proizvodnju biogasa predstavlja veliki potencijal za postrojenja za anaerobnu digestiju, koje obrađuju organske frakcije čvrstog komunalnog otpada, akoja su instalirana širom sveta. Težnja je da se smanji tok organskog otpada na deponije, uključujući čak i spaljivanje, a da se ove vrste otpada preusmere ka reciklaži.
Anaerobni procesi se široko upotrebljavaju za tretman industrijskog otpada i otpadnih voda, više od jednog veka a anaerobna digestija je danas uobičajena tehnologija za tretman različitih tipova industrijskog otpada iz drvoprerađivačke, prehrambene i farmaceutske industrije. Anaerobna digestija se takođe primenjuje za predtretman organskih industrijskih otpadnih voda, pre konačnog odlaganja. Nedavnim unapređenjem tehnologija za tretman, mogu se prerađivati i razređene industrijske otpadne vode. Evrpske kompanije imaju vodeću svetsku poziciju u primeni ovakvog tipa aplikacija anaerobne digestije. U poslednjih nekoliko godina, aktuelizovanjem problematike u oblasti zaštite životne sredine i energetske efikasnosti, koje je sada pod kontrolom zakona za zaštitu životne sredine dodatno su uvećana interesovanja za direktni anaerobni tretman industrijskog otpada i upravljanje čvrstog industrijskog otpada.
Industrije koje upotrebljavaju anaerobnu digestiju za tretman otpadnih voda su opsegu:
Industrijska postrojenja na biogas nose različite koristi za društvo i industriju, koje uključuju:
Uzimajući u obzir ekološke i društveno – ekonomske koristi ovakvih sistema, uz uvećanje troškova i poreza na druge metode odlaganja industrijskog otpada, dolazi do uvećanja brojarealizovanih aplikacija sa industrijskom primenom biogasa u budućnosti.